Окунь предпочитает держаться в чистой, богатой кислородом воде. Окунь обитает главным образом в равнинных водоёмах: реках, озёрах, также встречается в высокогорных озёрах. Окунь также может обитать в соленоватой воде, также он встречается в прибрежных участках морей, в частности, в Балтийском (Ботнический, Финский, Куршский залив заливы), Белом и Каспийском морях, в соленоватых озёрах Барабинской низменности. Для нереста он собирается в стаи. В начале нерестового периода на местах размножения доминируют самцы, которых в это время бывает в несколько раз больше, чем самок. В самый разгар нереста количество самок гораздо больше чем скамцов. Первыми обычно подходят на нерестилища и откладывают икру более крупные самки окуня, позже подходят и нерестятся более мелкие производители. Для размножения стаи окуня выходят на мелководные участки с прошлогодней растительностью, твердым дном, где течение практически отсутствует. Самка откладывает всю икру за один прием. Ранее считалось, что для нормального развития икринок допустима солёность воды в 6—8 %, однако последние исследования показали, что максимальная величина солёности составляет 2—2,5 %. 

***
Окунь в основном придерживается прибрежной зарослевой зоны водоёма, любит участки с обилием водной растительности. Речной окунь старается избегать участков водоёма с пониженной температурой и быстрым течением, он отсутствует в верховьях рек с холодной водой. Неблагоприятна для размножения окуня температура воды выше 30—31 °C.